首先得了解發電設備水循環系統水質改變的成因，在火電廠的循環冷卻水中，微生物、藻類以及細菌，是這個冷卻水系統的三大危害。循環冷卻水系統的環境很適合微生物的生存，微生物在循環冷卻水中大量滋生，使系統中的水變黑發臭，還會降低冷卻的效率。

火電廠可以使用殺菌滅藻劑來殺滅冷卻水系統中的藻類，推薦使用優靜氯（殺菌滅藻劑）。根據水的溫度、PH值和藻類的情況進行殺菌滅藻。要根據具體的實驗來處理，改變目測隨意的加藥，更科學的殺菌。